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讲述主人公结城理转学到月光馆学园高等学校后遇到异形怪物“影子”的攻击，“Persona”力量觉醒后与同样具有Persona力量的朋友们一起组成特别课外活动部的故事。一开始对什么事情都不感兴趣的结城理在破解“影事件”之谜和与“影子”进行死斗的过程中，性格发生了巨大变化，与朋友的羁绊也变得更深了。
